Aastatel 2005–2015 rekonstrueeriti kirik täielikult: rekonstrueeriti kiriku tiibhoone, renoveeriti kiriku kellatorn ja välisfassaad ning kontserdisaal, kuhu ehitati ka uued rõdud. Ehitati ka kolumbaarium. Pauluse kirik on Tartu ainus juugendstiilis sakraalehitis. Kiriku projekteeris tunnustatud Soome arhitekt Eliel Saarinen aastatel 1911–1913.

Tunnustused:
2017 nomineeriti Soomes  konkursil Finlandia Prize for Architecture 2017
2016 Eesti Kultuurkapitali arhitektuuri sihtkapitali peapreemia